| Gene | Accession number | Functional annotation | Reference | Controlling trait | P-value | Haplotype | 688Coincidence | Sequence | |||||
| PD1 | Glyma.01G240100 | HD-Zip transcription factor | Liu et al. 2020c | Yield | 0.00005 | freq | hap | Chr01__56409339 | yeild | FAM | GCCGCAATCTTCTTCTCTATAGCT | ||
| 514 | Hap1 | A | LOW | 47/89 | 52.81% | HEX | GCCGCAATCTTCTTCTCTATAGCG | ||||||
| 81 | Hap3 | T | HIGH | 347/373 | 93.03% | R | ACTACACTCTTCTTGGTCGATCTCC | ||||||
| sample_name | Chr01__56409339 | sample_name | FAM | sample_name | Chr01__56409339 | sample_name | HEX | ||||||
| 369 | A | 390 | T:T | C10 | T | C10 | A:A | ||||||
| 390 | A | 401 | T:T | C2 | T | C4 | A:A | ||||||
| 401 | A | 411 | T:T | C4 | T | CX181 | A:A | ||||||
| 411 | A | 413 | T:T | CX130 | T | CX19 | A:A | ||||||
| 413 | A | 438 | T:T | CX147 | T | CX203 | A:A | ||||||
| 438 | A | 458 | T:T | CX181 | T | CX275 | A:A | ||||||
| 458 | A | A3 | T:T | CX184 | T | CX294 | A:A | ||||||
| A3 | A | B4 | T:T | CX19 | T | CX316 | A:A | ||||||
| B4 | A | C1124 | T:T | CX193 | T | CX47 | A:A | ||||||
| C1124 | A | C1137 | T:T | CX199 | T | CX5 | A:A | ||||||
| C1137 | A | C15 | T:T | CX20 | T | CX74 | A:A | ||||||
| C15 | A | C22 | T:T | CX203 | T | JL021 | A:A | ||||||
| C22 | A | C25 | T:T | CX211 | T | JL033 | A:A | ||||||
| C25 | A | C26 | T:T | CX275 | T | JL037 | A:A | ||||||
| C26 | A | C32 | T:T | CX294 | T | JL041 | A:A | ||||||
| C32 | A | C36 | T:T | CX298 | T | JL060 | A:A | ||||||
| C36 | A | C38 | T:T | CX308 | T | JL062 | A:A | ||||||
| C38 | A | C40 | T:T | CX312 | T | JL064 | A:A | ||||||
| C40 | A | C42 | T:T | CX316 | T | JL073 | A:A | ||||||
| C42 | A | C43 | T:T | CX323 | T | JL075 | A:A | ||||||
| C43 | A | C6 | T:T | CX47 | T | JL086 | A:A | ||||||
| C6 | A | C7 | T:T | CX5 | T | JL092 | A:A | ||||||
| C7 | A | C881 | T:T | CX64 | T | JL095 | A:A | ||||||
| C8 | A | C884 | T:T | CX74 | T | JL097 | A:A | ||||||
| C881 | A | C9 | T:T | H166 | T | JL100 | A:A | ||||||
| C884 | A | CX1 | T:T | H681 | T | JL102 | A:A | ||||||
| C9 | A | CX101 | T:T | JL003 | T | JL104 | A:A | ||||||
| CX1 | A | CX103 | T:T | JL019 | T | JL209 | A:A | ||||||
| CX101 | A | CX104 | T:T | JL021 | T | JL214 | A:A | ||||||
| CX103 | A | CX106 | T:T | JL032 | T | JL215 | A:A | ||||||
| CX104 | A | CX110 | T:T | JL033 | T | JL217 | A:A | ||||||
| CX105 | A | CX113 | T:T | JL037 | T | JL222 | A:A | ||||||
| CX106 | A | CX115 | T:T | JL041 | T | JL223 | A:A | ||||||
| CX108 | A | CX119 | T:T | JL060 | T | JL226 | A:A | ||||||
| CX110 | A | CX12 | T:T | JL061 | T | JL231 | A:A | ||||||
| CX113 | A | CX127 | T:T | JL062 | T | JL232 | A:A | ||||||
| CX115 | A | CX13 | T:T | JL064 | T | JL267 | A:A | ||||||
| CX119 | A | CX131 | T:T | JL070 | T | JL268 | A:A | ||||||
| CX12 | A | CX132 | T:T | JL073 | T | JL282 | A:A | ||||||
| CX123 | A | CX134 | T:T | JL075 | T | JL285 | A:A | ||||||
| CX124 | A | CX137 | T:T | JL086 | T | JL293 | A:A | ||||||
| CX127 | A | CX138 | T:T | JL088 | T | JL325 | A:A | ||||||
| CX13 | A | CX139 | T:T | JL092 | T | JL334 | A:A | ||||||
| CX131 | A | CX140 | T:T | JL095 | T | JL335 | A:A | ||||||
| CX132 | A | CX142 | T:T | JL097 | T | JL343 | A:A | ||||||
| CX134 | A | CX143 | T:T | JL100 | T | JL345 | A:A | ||||||
| CX137 | A | CX144 | T:T | JL102 | T | JL346 | A:A | ||||||
| CX138 | A | CX145 | T:T | JL104 | T | ||||||||
| CX139 | A | CX146 | T:T | JL209 | T | ||||||||
| CX140 | A | CX149 | T:T | JL214 | T | ||||||||
| CX141 | A | CX150 | T:T | JL215 | T | ||||||||
| CX142 | A | CX151 | T:T | JL217 | T | ||||||||
| CX143 | A | CX153 | T:T | JL222 | T | ||||||||
| CX144 | A | CX154 | T:T | JL223 | T | ||||||||
| CX145 | A | CX155 | T:T | JL226 | T | ||||||||
| CX146 | A | CX156 | T:T | JL231 | T | ||||||||
| CX148 | A | CX157 | T:T | JL232 | T | ||||||||
| CX149 | A | CX158 | T:T | JL236 | T | ||||||||
| CX150 | A | CX159 | T:T | JL239 | T | ||||||||
| CX151 | A | CX160 | T:T | JL267 | T | ||||||||
| CX153 | A | CX161 | T:T | JL268 | T | ||||||||
| CX154 | A | CX162 | T:T | JL282 | T | ||||||||
| CX155 | A | CX163 | T:T | JL285 | T | ||||||||
| CX156 | A | CX168 | T:T | JL293 | T | ||||||||
| CX157 | A | CX169 | T:T | JL309 | T | ||||||||
| CX158 | A | CX17 | T:T | JL310 | T | ||||||||
| CX159 | A | CX170 | T:T | JL325 | T | ||||||||
| CX160 | A | CX171 | T:T | JL331 | T | ||||||||
| CX161 | A | CX172 | T:T | JL334 | T | ||||||||
| CX162 | A | CX173 | T:T | JL335 | T | ||||||||
| CX163 | A | CX175 | T:T | JL343 | T | ||||||||
| CX164 | A | CX178 | T:T | JL345 | T | ||||||||
| CX168 | A | CX179 | T:T | JL346 | T | ||||||||
| CX169 | A | CX18 | T:T | ||||||||||
| CX17 | A | CX180 | T:T | ||||||||||
| CX170 | A | CX185 | T:T | ||||||||||
| CX171 | A | CX187 | T:T | ||||||||||
| CX172 | A | CX192 | T:T | ||||||||||
| CX173 | A | CX194 | T:T | ||||||||||
| CX175 | A | CX196 | T:T | ||||||||||
| CX178 | A | CX197 | T:T | ||||||||||
| CX179 | A | CX198 | T:T | ||||||||||
| CX18 | A | CX201 | T:T | ||||||||||
| CX180 | A | CX202 | T:T | ||||||||||
| CX183 | A | CX204 | T:T | ||||||||||
| CX185 | A | CX205 | T:T | ||||||||||
| CX186 | A | CX206 | T:T | ||||||||||
| CX187 | A | CX207 | T:T | ||||||||||
| CX192 | A | CX209 | T:T | ||||||||||
| CX194 | A | CX21 | T:T | ||||||||||
| CX196 | A | CX213 | T:T | ||||||||||
| CX197 | A | CX215 | T:T | ||||||||||
| CX198 | A | CX217 | T:T | ||||||||||
| CX201 | A | CX218 | T:T | ||||||||||
| CX202 | A | CX22 | T:T | ||||||||||
| CX204 | A | CX220 | T:T | ||||||||||
| CX205 | A | CX225 | T:T | ||||||||||
| CX206 | A | CX228 | T:T | ||||||||||
| CX207 | A | CX230 | T:T | ||||||||||
| CX209 | A | CX235 | T:T | ||||||||||
| CX21 | A | CX24 | T:T | ||||||||||
| CX213 | A | CX242 | T:T | ||||||||||
| CX215 | A | CX243 | T:T | ||||||||||
| CX217 | A | CX246 | T:T | ||||||||||
| CX218 | A | CX247 | T:T | ||||||||||
| CX22 | A | CX248 | T:T | ||||||||||
| CX220 | A | CX249 | T:T | ||||||||||
| CX221 | A | CX250 | T:T | ||||||||||
| CX222 | A | CX251 | T:T | ||||||||||
| CX225 | A | CX253 | T:T | ||||||||||
| CX228 | A | CX256 | T:T | ||||||||||
| CX230 | A | CX257 | T:T | ||||||||||
| CX235 | A | CX258 | T:T | ||||||||||
| CX24 | A | CX259 | T:T | ||||||||||
| CX242 | A | CX26 | T:T | ||||||||||
| CX243 | A | CX262 | T:T | ||||||||||
| CX246 | A | CX268 | T:T | ||||||||||
| CX247 | A | CX27 | T:T | ||||||||||
| CX248 | A | CX270 | T:T | ||||||||||
| CX249 | A | CX272 | T:T | ||||||||||
| CX250 | A | CX273 | T:T | ||||||||||
| CX251 | A | CX274 | T:T | ||||||||||
| CX253 | A | CX276 | T:T | ||||||||||
| CX256 | A | CX277 | T:T | ||||||||||
| CX257 | A | CX28 | T:T | ||||||||||
| CX258 | A | CX280 | T:T | ||||||||||
| CX259 | A | CX281 | T:T | ||||||||||
| CX26 | A | CX282 | T:T | ||||||||||
| CX261 | A | CX283 | T:T | ||||||||||
| CX262 | A | CX285 | T:T | ||||||||||
| CX264 | A | CX287 | T:T | ||||||||||
| CX268 | A | CX29 | T:T | ||||||||||
| CX269 | A | CX290 | T:T | ||||||||||
| CX27 | A | CX293 | T:T | ||||||||||
| CX270 | A | CX299 | T:T | ||||||||||
| CX271 | A | CX3 | T:T | ||||||||||
| CX272 | A | CX30 | T:T | ||||||||||
| CX273 | A | CX300 | T:T | ||||||||||
| CX274 | A | CX304 | T:T | ||||||||||
| CX276 | A | CX305 | T:T | ||||||||||
| CX277 | A | CX307 | T:T | ||||||||||
| CX278 | A | CX309 | T:T | ||||||||||
| CX28 | A | CX310 | T:T | ||||||||||
| CX280 | A | CX313 | T:T | ||||||||||
| CX281 | A | CX314 | T:T | ||||||||||
| CX282 | A | CX315 | T:T | ||||||||||
| CX283 | A | CX317 | T:T | ||||||||||
| CX285 | A | CX318 | T:T | ||||||||||
| CX287 | A | CX319 | T:T | ||||||||||
| CX29 | A | CX32 | T:T | ||||||||||
| CX290 | A | CX320 | T:T | ||||||||||
| CX292 | A | CX322 | T:T | ||||||||||
| CX293 | A | CX324 | T:T | ||||||||||
| CX299 | A | CX326 | T:T | ||||||||||
| CX3 | A | CX327 | T:T | ||||||||||
| CX30 | A | CX328 | T:T | ||||||||||
| CX300 | A | CX33 | T:T | ||||||||||
| CX304 | A | CX34 | T:T | ||||||||||
| CX305 | A | CX35 | T:T | ||||||||||
| CX307 | A | CX36 | T:T | ||||||||||
| CX309 | A | CX38 | T:T | ||||||||||
| CX310 | A | CX4 | T:T | ||||||||||
| CX311 | A | CX48 | T:T | ||||||||||
| CX313 | A | CX49 | T:T | ||||||||||
| CX314 | A | CX50 | T:T | ||||||||||
| CX315 | A | CX53 | T:T | ||||||||||
| CX317 | A | CX54 | T:T | ||||||||||
| CX318 | A | CX57 | T:T | ||||||||||
| CX319 | A | CX6 | T:T | ||||||||||
| CX32 | A | CX61 | T:T | ||||||||||
| CX320 | A | CX63 | T:T | ||||||||||
| CX321 | A | CX65 | T:T | ||||||||||
| CX322 | A | CX66 | T:T | ||||||||||
| CX324 | A | CX68 | T:T | ||||||||||
| CX326 | A | CX76 | T:T | ||||||||||
| CX327 | A | CX78 | T:T | ||||||||||
| CX328 | A | CX80 | T:T | ||||||||||
| CX33 | A | CX83 | T:T | ||||||||||
| CX34 | A | CX84 | T:T | ||||||||||
| CX35 | A | CX90 | T:T | ||||||||||
| CX36 | A | CX91 | T:T | ||||||||||
| CX38 | A | CX92 | T:T | ||||||||||
| CX4 | A | CX93 | T:T | ||||||||||
| CX48 | A | CX94 | T:T | ||||||||||
| CX49 | A | CX95 | T:T | ||||||||||
| CX50 | A | CX96 | T:T | ||||||||||
| CX53 | A | E2 | T:T | ||||||||||
| CX54 | A | H542 | T:T | ||||||||||
| CX57 | A | H660 | T:T | ||||||||||
| CX6 | A | H750 | T:T | ||||||||||
| CX61 | A | H751 | T:T | ||||||||||
| CX63 | A | H760 | T:T | ||||||||||
| CX65 | A | JL001 | T:T | ||||||||||
| CX66 | A | JL004 | T:T | ||||||||||
| CX68 | A | JL005 | T:T | ||||||||||
| CX71 | A | JL006 | T:T | ||||||||||
| CX76 | A | JL007 | T:T | ||||||||||
| CX78 | A | JL008 | T:T | ||||||||||
| CX8 | A | JL009 | T:T | ||||||||||
| CX80 | A | JL010 | T:T | ||||||||||
| CX83 | A | JL011 | T:T | ||||||||||
| CX84 | A | JL012 | T:T | ||||||||||
| CX90 | A | JL013 | T:T | ||||||||||
| CX91 | A | JL015 | T:T | ||||||||||
| CX92 | A | JL016 | T:T | ||||||||||
| CX93 | A | JL017 | T:T | ||||||||||
| CX94 | A | JL018 | T:T | ||||||||||
| CX95 | A | JL020 | T:T | ||||||||||
| CX96 | A | JL022 | T:T | ||||||||||
| E2 | A | JL023 | T:T | ||||||||||
| H542 | A | JL024 | T:T | ||||||||||
| H660 | A | JL025 | T:T | ||||||||||
| H750 | A | JL026 | T:T | ||||||||||
| H751 | A | JL027 | T:T | ||||||||||
| H760 | A | JL028 | T:T | ||||||||||
| JL001 | A | JL029 | T:T | ||||||||||
| JL002 | A | JL030 | T:T | ||||||||||
| JL004 | A | JL031 | T:T | ||||||||||
| JL005 | A | JL034 | T:T | ||||||||||
| JL006 | A | JL036 | T:T | ||||||||||
| JL007 | A | JL038 | T:T | ||||||||||
| JL008 | A | JL039 | T:T | ||||||||||
| JL009 | A | JL042 | T:T | ||||||||||
| JL010 | A | JL043 | T:T | ||||||||||
| JL011 | A | JL044 | T:T | ||||||||||
| JL012 | A | JL045 | T:T | ||||||||||
| JL013 | A | JL046 | T:T | ||||||||||
| JL014 | A | JL047 | T:T | ||||||||||
| JL015 | A | JL048 | T:T | ||||||||||
| JL016 | A | JL049 | T:T | ||||||||||
| JL017 | A | JL051 | T:T | ||||||||||
| JL018 | A | JL052 | T:T | ||||||||||
| JL020 | A | JL053 | T:T | ||||||||||
| JL022 | A | JL054 | T:T | ||||||||||
| JL023 | A | JL055 | T:T | ||||||||||
| JL024 | A | JL056 | T:T | ||||||||||
| JL025 | A | JL057 | T:T | ||||||||||
| JL026 | A | JL058 | T:T | ||||||||||
| JL027 | A | JL063 | T:T | ||||||||||
| JL028 | A | JL065 | T:T | ||||||||||
| JL029 | A | JL066 | T:T | ||||||||||
| JL030 | A | JL067 | T:T | ||||||||||
| JL031 | A | JL068 | T:T | ||||||||||
| JL034 | A | JL071 | T:T | ||||||||||
| JL035 | A | JL072 | T:T | ||||||||||
| JL036 | A | JL079 | T:T | ||||||||||
| JL038 | A | JL081 | T:T | ||||||||||
| JL039 | A | JL082 | T:T | ||||||||||
| JL042 | A | JL083 | T:T | ||||||||||
| JL043 | A | JL084 | T:T | ||||||||||
| JL044 | A | JL085 | T:T | ||||||||||
| JL045 | A | JL087 | T:T | ||||||||||
| JL046 | A | JL089 | T:T | ||||||||||
| JL047 | A | JL090 | T:T | ||||||||||
| JL048 | A | JL091 | T:T | ||||||||||
| JL049 | A | JL096 | T:T | ||||||||||
| JL050 | A | JL098 | T:T | ||||||||||
| JL051 | A | JL099 | T:T | ||||||||||
| JL052 | A | JL103 | T:T | ||||||||||
| JL053 | A | JL105 | T:T | ||||||||||
| JL054 | A | JL106 | T:T | ||||||||||
| JL055 | A | JL107 | T:T | ||||||||||
| JL056 | A | JL108 | T:T | ||||||||||
| JL057 | A | JL113 | T:T | ||||||||||
| JL058 | A | JL162 | T:T | ||||||||||
| JL059 | A | JL192 | T:T | ||||||||||
| JL063 | A | JL208 | T:T | ||||||||||
| JL065 | A | JL211 | T:T | ||||||||||
| JL066 | A | JL213 | T:T | ||||||||||
| JL067 | A | JL216 | T:T | ||||||||||
| JL068 | A | JL218 | T:T | ||||||||||
| JL069 | A | JL219 | T:T | ||||||||||
| JL071 | A | JL220 | T:T | ||||||||||
| JL072 | A | JL221 | T:T | ||||||||||
| JL079 | A | JL228 | T:T | ||||||||||
| JL080 | A | JL229 | T:T | ||||||||||
| JL081 | A | JL230 | T:T | ||||||||||
| JL082 | A | JL233 | T:T | ||||||||||
| JL083 | A | JL235 | T:T | ||||||||||
| JL084 | A | JL240 | T:T | ||||||||||
| JL085 | A | JL241 | T:T | ||||||||||
| JL087 | A | JL242 | T:T | ||||||||||
| JL089 | A | JL243 | T:T | ||||||||||
| JL090 | A | JL244 | T:T | ||||||||||
| JL091 | A | JL245 | T:T | ||||||||||
| JL096 | A | JL246 | T:T | ||||||||||
| JL098 | A | JL247 | T:T | ||||||||||
| JL099 | A | JL249 | T:T | ||||||||||
| JL101 | A | JL250 | T:T | ||||||||||
| JL103 | A | JL253 | T:T | ||||||||||
| JL105 | A | JL254 | T:T | ||||||||||
| JL106 | A | JL256 | T:T | ||||||||||
| JL107 | A | JL257 | T:T | ||||||||||
| JL108 | A | JL258 | T:T | ||||||||||
| JL113 | A | JL260 | T:T | ||||||||||
| JL162 | A | JL261 | T:T | ||||||||||
| JL192 | A | JL262 | T:T | ||||||||||
| JL208 | A | JL265 | T:T | ||||||||||
| JL210 | A | JL266 | T:T | ||||||||||
| JL211 | A | JL270 | T:T | ||||||||||
| JL212 | A | JL271 | T:T | ||||||||||
| JL213 | A | JL273 | T:T | ||||||||||
| JL216 | A | JL274 | T:T | ||||||||||
| JL218 | A | JL276 | T:T | ||||||||||
| JL219 | A | JL277 | T:T | ||||||||||
| JL220 | A | JL278 | T:T | ||||||||||
| JL221 | A | JL279 | T:T | ||||||||||
| JL228 | A | JL283 | T:T | ||||||||||
| JL229 | A | JL284 | T:T | ||||||||||
| JL230 | A | JL287 | T:T | ||||||||||
| JL233 | A | JL288 | T:T | ||||||||||
| JL234 | A | JL289 | T:T | ||||||||||
| JL235 | A | JL290 | T:T | ||||||||||
| JL240 | A | JL291 | T:T | ||||||||||
| JL241 | A | JL292 | T:T | ||||||||||
| JL242 | A | JL294 | T:T | ||||||||||
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| JL244 | A | JL297 | T:T | ||||||||||
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