| Gene | Accession number | Functional annotation | Reference | Controlling trait | P-value | Haplotype | 688Coincidence | Sequence | |||||
| GmSPL9c | Glyma.03G143100 | squamosa promoter binding protein-like 9 | Bao et al. 2019; Cao et al. 2015b | Yield (plant architecture) | 0.000083 | freq | hap | Chr03__35887615 | yeild | FAM | TAAGAGAGGTAGCGGGAGTAGCAAA | ||
| 405 | Hap1 | G | HIGH | 137/193 | 70.98% | HEX | TAAGAGAGGTAGCGGGAGTAGCAAG | ||||||
| 121 | Hap2 | A | LOW | 236/292 | 80.82% | R | TCACTCCATCACCTATGGCTTCAGA | ||||||
| sample_name | Chr03__35887615 | sample_name | FAM | sample_name | Chr03__35887615 | sample_name | HEX | ||||||
| 390 | A | JL001 | A:A | 369 | G | JL002 | G:G | ||||||
| 405 | A | JL014 | A:A | 401 | G | JL005 | G:G | ||||||
| 413 | A | JL016 | A:A | 411 | G | JL006 | G:G | ||||||
| C1124 | A | JL017 | A:A | 432 | G | JL007 | G:G | ||||||
| C1137 | A | JL018 | A:A | 438 | G | JL009 | G:G | ||||||
| C15 | A | JL019 | A:A | 458 | G | JL010 | G:G | ||||||
| C2 | A | JL021 | A:A | A3 | G | JL011 | G:G | ||||||
| C25 | A | JL023 | A:A | B4 | G | JL012 | G:G | ||||||
| C884 | A | JL027 | A:A | C10 | G | JL015 | G:G | ||||||
| CX1 | A | JL028 | A:A | C22 | G | JL020 | G:G | ||||||
| CX101 | A | JL030 | A:A | C26 | G | JL022 | G:G | ||||||
| CX103 | A | JL025 | A:A | C32 | G | JL024 | G:G | ||||||
| CX104 | A | JL031 | A:A | C36 | G | JL032 | G:G | ||||||
| CX105 | A | JL033 | A:A | C38 | G | JL034 | G:G | ||||||
| CX106 | A | JL036 | A:A | C4 | G | JL054 | G:G | ||||||
| CX108 | A | JL042 | A:A | C40 | G | JL055 | G:G | ||||||
| CX110 | A | JL043 | A:A | C42 | G | JL057 | G:G | ||||||
| CX113 | A | JL044 | A:A | C43 | G | JL065 | G:G | ||||||
| CX115 | A | JL045 | A:A | C6 | G | JL073 | G:G | ||||||
| CX119 | A | JL046 | A:A | C7 | G | JL088 | G:G | ||||||
| CX12 | A | JL047 | A:A | C8 | G | JL090 | G:G | ||||||
| CX123 | A | JL048 | A:A | C881 | G | JL092 | G:G | ||||||
| CX124 | A | JL049 | A:A | C9 | G | JL100 | G:G | ||||||
| CX13 | A | JL050 | A:A | CX127 | G | JL102 | G:G | ||||||
| CX130 | A | JL051 | A:A | CX134 | G | JL106 | G:G | ||||||
| CX131 | A | JL052 | A:A | CX137 | G | JL213 | G:G | ||||||
| CX132 | A | JL053 | A:A | CX140 | G | JL219 | G:G | ||||||
| CX135 | A | JL058 | A:A | CX142 | G | JL222 | G:G | ||||||
| CX136 | A | JL060 | A:A | CX145 | G | JL223 | G:G | ||||||
| CX138 | A | JL062 | A:A | CX148 | G | JL240 | G:G | ||||||
| CX139 | A | JL063 | A:A | CX151 | G | JL242 | G:G | ||||||
| CX141 | A | JL064 | A:A | CX152 | G | JL243 | G:G | ||||||
| CX143 | A | JL067 | A:A | CX153 | G | JL245 | G:G | ||||||
| CX144 | A | JL068 | A:A | CX154 | G | JL249 | G:G | ||||||
| CX146 | A | JL069 | A:A | CX155 | G | JL250 | G:G | ||||||
| CX147 | A | JL075 | A:A | CX156 | G | JL252 | G:G | ||||||
| CX149 | A | JL079 | A:A | CX157 | G | JL259 | G:G | ||||||
| CX150 | A | JL080 | A:A | CX159 | G | JL264 | G:G | ||||||
| CX158 | A | JL081 | A:A | CX160 | G | JL269 | G:G | ||||||
| CX162 | A | JL082 | A:A | CX161 | G | JL273 | G:G | ||||||
| CX17 | A | JL085 | A:A | CX163 | G | JL279 | G:G | ||||||
| CX173 | A | JL086 | A:A | CX164 | G | JL283 | G:G | ||||||
| CX175 | A | JL083 | A:A | CX168 | G | JL284 | G:G | ||||||
| CX181 | A | JL084 | A:A | CX169 | G | JL285 | G:G | ||||||
| CX185 | A | JL089 | A:A | CX170 | G | JL280 | G:G | ||||||
| CX186 | A | JL091 | A:A | CX171 | G | JL286 | G:G | ||||||
| CX19 | A | JL095 | A:A | CX172 | G | JL289 | G:G | ||||||
| CX192 | A | JL096 | A:A | CX178 | G | JL292 | G:G | ||||||
| CX196 | A | JL097 | A:A | CX179 | G | JL304 | G:G | ||||||
| CX198 | A | JL098 | A:A | CX18 | G | JL313 | G:G | ||||||
| CX20 | A | JL099 | A:A | CX180 | G | JL316 | G:G | ||||||
| CX201 | A | JL101 | A:A | CX183 | G | JL317 | G:G | ||||||
| CX202 | A | JL103 | A:A | CX184 | G | JL319 | G:G | ||||||
| CX204 | A | JL105 | A:A | CX187 | G | JL334 | G:G | ||||||
| CX205 | A | JL108 | A:A | CX193 | G | JL346 | G:G | ||||||
| CX206 | A | JL208 | A:A | CX194 | G | C10 | G:G | ||||||
| CX207 | A | JL209 | A:A | CX197 | G | C4 | G:G | ||||||
| CX209 | A | JL210 | A:A | CX199 | G | C7 | G:G | ||||||
| CX21 | A | JL212 | A:A | CX203 | G | C8 | G:G | ||||||
| CX210 | A | JL214 | A:A | CX230 | G | C9 | G:G | ||||||
| CX213 | A | JL216 | A:A | CX235 | G | C22 | G:G | ||||||
| CX215 | A | JL217 | A:A | CX243 | G | C25 | G:G | ||||||
| CX217 | A | JL218 | A:A | CX248 | G | C32 | G:G | ||||||
| CX218 | A | JL220 | A:A | CX249 | G | C36 | G:G | ||||||
| CX22 | A | JL221 | A:A | CX250 | G | C38 | G:G | ||||||
| CX221 | A | JL224 | A:A | CX251 | G | C42 | G:G | ||||||
| CX222 | A | JL225 | A:A | CX256 | G | C43 | G:G | ||||||
| CX225 | A | JL226 | A:A | CX257 | G | C881 | G:G | ||||||
| CX228 | A | JL227 | A:A | CX258 | G | CX18 | G:G | ||||||
| CX24 | A | JL228 | A:A | CX259 | G | CX32 | G:G | ||||||
| CX242 | A | JL233 | A:A | CX264 | G | CX35 | G:G | ||||||
| CX246 | A | JL234 | A:A | CX268 | G | CX47 | G:G | ||||||
| CX247 | A | JL232 | A:A | CX274 | G | CX48 | G:G | ||||||
| CX253 | A | JL238 | A:A | CX275 | G | CX57 | G:G | ||||||
| CX26 | A | JL241 | A:A | CX278 | G | CX76 | G:G | ||||||
| CX261 | A | JL246 | A:A | CX287 | G | CX84 | G:G | ||||||
| CX262 | A | JL247 | A:A | CX293 | G | CX91 | G:G | ||||||
| CX269 | A | JL253 | A:A | CX300 | G | CX93 | G:G | ||||||
| CX27 | A | JL254 | A:A | CX304 | G | CX134 | G:G | ||||||
| CX270 | A | JL255 | A:A | CX305 | G | CX137 | G:G | ||||||
| CX271 | A | JL256 | A:A | CX307 | G | CX140 | G:G | ||||||
| CX272 | A | JL257 | A:A | CX308 | G | CX142 | G:G | ||||||
| CX273 | A | JL258 | A:A | CX310 | G | CX145 | G:G | ||||||
| CX276 | A | JL260 | A:A | CX311 | G | CX151 | G:G | ||||||
| CX277 | A | JL261 | A:A | CX312 | G | CX152 | G:G | ||||||
| CX28 | A | JL262 | A:A | CX313 | G | CX156 | G:G | ||||||
| CX280 | A | JL263 | A:A | CX316 | G | CX157 | G:G | ||||||
| CX281 | A | JL265 | A:A | CX317 | G | CX159 | G:G | ||||||
| CX282 | A | JL266 | A:A | CX318 | G | CX160 | G:G | ||||||
| CX283 | A | JL267 | A:A | CX319 | G | CX163 | G:G | ||||||
| CX285 | A | JL268 | A:A | CX32 | G | CX169 | G:G | ||||||
| CX29 | A | JL270 | A:A | CX320 | G | CX171 | G:G | ||||||
| CX290 | A | JL271 | A:A | CX322 | G | CX178 | G:G | ||||||
| CX291 | A | JL272 | A:A | CX323 | G | CX179 | G:G | ||||||
| CX292 | A | JL274 | A:A | CX327 | G | CX180 | G:G | ||||||
| CX294 | A | JL275 | A:A | CX328 | G | CX183 | G:G | ||||||
| CX298 | A | JL277 | A:A | CX35 | G | CX194 | G:G | ||||||
| CX299 | A | JL278 | A:A | CX47 | G | CX197 | G:G | ||||||
| CX3 | A | JL282 | A:A | CX48 | G | CX203 | G:G | ||||||
| CX30 | A | JL281 | A:A | CX54 | G | CX235 | G:G | ||||||
| CX309 | A | JL287 | A:A | CX57 | G | CX243 | G:G | ||||||
| CX314 | A | JL288 | A:A | CX76 | G | CX248 | G:G | ||||||
| CX315 | A | JL291 | A:A | CX83 | G | CX249 | G:G | ||||||
| CX321 | A | JL293 | A:A | CX84 | G | CX257 | G:G | ||||||
| CX324 | A | JL294 | A:A | CX91 | G | CX268 | G:G | ||||||
| CX326 | A | JL295 | A:A | CX92 | G | CX274 | G:G | ||||||
| CX33 | A | JL297 | A:A | CX93 | G | CX275 | G:G | ||||||
| CX34 | A | JL299 | A:A | E2 | G | CX300 | G:G | ||||||
| CX36 | A | JL300 | A:A | E4 | G | CX305 | G:G | ||||||
| CX39 | A | JL301 | A:A | H166 | G | CX307 | G:G | ||||||
| CX4 | A | JL302 | A:A | H660 | G | CX308 | G:G | ||||||
| CX49 | A | JL303 | A:A | H681 | G | CX310 | G:G | ||||||
| CX5 | A | JL309 | A:A | H750 | G | CX311 | G:G | ||||||
| CX50 | A | JL310 | A:A | H751 | G | CX312 | G:G | ||||||
| CX53 | A | JL312 | A:A | H760 | G | CX316 | G:G | ||||||
| CX6 | A | JL315 | A:A | JL002 | G | CX317 | G:G | ||||||
| CX61 | A | JL318 | A:A | JL005 | G | CX318 | G:G | ||||||
| CX63 | A | JL321 | A:A | JL006 | G | CX319 | G:G | ||||||
| CX64 | A | JL324 | A:A | JL007 | G | CX320 | G:G | ||||||
| CX65 | A | JL325 | A:A | JL008 | G | CX322 | G:G | ||||||
| CX66 | A | JL326 | A:A | JL009 | G | CX328 | G:G | ||||||
| CX71 | A | JL327 | A:A | JL010 | G | CX304 | G:G | ||||||
| CX74 | A | JL328 | A:A | JL011 | G | CX323 | G:G | ||||||
| CX78 | A | JL333 | A:A | JL012 | G | CX327 | G:G | ||||||
| CX8 | A | JL335 | A:A | JL015 | G | JL041 | G:G | ||||||
| CX80 | A | JL337 | A:A | JL020 | G | JL311 | G:G | ||||||
| CX90 | A | JL339 | A:A | JL022 | G | 438 | G:G | ||||||
| CX94 | A | JL340 | A:A | JL024 | G | 458 | G:G | ||||||
| CX95 | A | JL342 | A:A | JL032 | G | A3 | G:G | ||||||
| CX96 | A | JL343 | A:A | JL034 | G | B4 | G:G | ||||||
| JL001 | A | JL347 | A:A | JL041 | G | E2 | G:G | ||||||
| JL003 | A | JL348 | A:A | JL054 | G | E4 | G:G | ||||||
| JL004 | A | C2 | A:A | JL055 | G | H660 | G:G | ||||||
| JL013 | A | C25 | A:A | JL057 | G | H681 | G:G | ||||||
| JL014 | A | C1124 | A:A | JL065 | G | H750 | G:G | ||||||
| JL016 | A | C1137 | A:A | JL073 | G | H751 | G:G | ||||||
| JL017 | A | CX1 | A:A | JL087 | G | H760 | G:G | ||||||
| JL018 | A | CX5 | A:A | JL088 | G | ||||||||
| JL019 | A | CX8 | A:A | JL090 | G | ||||||||
| JL021 | A | CX13 | A:A | JL092 | G | ||||||||
| JL023 | A | CX17 | A:A | JL100 | G | ||||||||
| JL025 | A | CX26 | A:A | JL102 | G | ||||||||
| JL026 | A | CX27 | A:A | JL104 | G | ||||||||
| JL027 | A | CX21 | A:A | JL106 | G | ||||||||
| JL028 | A | CX28 | A:A | JL107 | G | ||||||||
| JL029 | A | CX29 | A:A | JL213 | G | ||||||||
| JL030 | A | CX30 | A:A | JL219 | G | ||||||||
| JL031 | A | CX33 | A:A | JL222 | G | ||||||||
| JL033 | A | CX34 | A:A | JL223 | G | ||||||||
| JL035 | A | CX39 | A:A | JL235 | G | ||||||||
| JL036 | A | CX50 | A:A | JL236 | G | ||||||||
| JL037 | A | CX53 | A:A | JL240 | G | ||||||||
| JL042 | A | CX61 | A:A | JL242 | G | ||||||||
| JL043 | A | CX65 | A:A | JL243 | G | ||||||||
| JL044 | A | CX66 | A:A | JL245 | G | ||||||||
| JL045 | A | CX71 | A:A | JL249 | G | ||||||||
| JL046 | A | CX78 | A:A | JL250 | G | ||||||||
| JL047 | A | CX80 | A:A | JL252 | G | ||||||||
| JL048 | A | CX90 | A:A | JL259 | G | ||||||||
| JL049 | A | CX94 | A:A | JL264 | G | ||||||||
| JL050 | A | CX96 | A:A | JL269 | G | ||||||||
| JL051 | A | CX101 | A:A | JL273 | G | ||||||||
| JL052 | A | CX103 | A:A | JL279 | G | ||||||||
| JL053 | A | CX104 | A:A | JL280 | G | ||||||||
| JL056 | A | CX108 | A:A | JL283 | G | ||||||||
| JL058 | A | CX110 | A:A | JL284 | G | ||||||||
| JL059 | A | CX113 | A:A | JL285 | G | ||||||||
| JL060 | A | CX115 | A:A | JL286 | G | ||||||||
| JL061 | A | CX119 | A:A | JL289 | G | ||||||||
| JL062 | A | CX123 | A:A | JL290 | G | ||||||||
| JL063 | A | CX124 | A:A | JL292 | G | ||||||||
| JL064 | A | CX130 | A:A | JL298 | G | ||||||||
| JL066 | A | CX131 | A:A | JL304 | G | ||||||||
| JL067 | A | CX132 | A:A | JL305 | G | ||||||||
| JL068 | A | CX135 | A:A | JL311 | G | ||||||||
| JL069 | A | CX136 | A:A | JL313 | G | ||||||||
| JL070 | A | CX138 | A:A | JL316 | G | ||||||||
| JL072 | A | CX139 | A:A | JL317 | G | ||||||||
| JL075 | A | CX143 | A:A | JL319 | G | ||||||||
| JL076 | A | CX144 | A:A | JL334 | G | ||||||||
| JL079 | A | CX146 | A:A | JL346 | G | ||||||||
| JL080 | A | CX147 | A:A | ||||||||||
| JL081 | A | CX150 | A:A | ||||||||||
| JL082 | A | CX158 | A:A | ||||||||||
| JL083 | A | CX162 | A:A | ||||||||||
| JL084 | A | CX215 | A:A | ||||||||||
| JL085 | A | CX217 | A:A | ||||||||||
| JL086 | A | CX218 | A:A | ||||||||||
| JL089 | A | CX221 | A:A | ||||||||||
| JL091 | A | CX222 | A:A | ||||||||||
| JL095 | A | CX228 | A:A | ||||||||||
| JL096 | A | CX246 | A:A | ||||||||||
| JL097 | A | CX247 | A:A | ||||||||||
| JL098 | A | CX269 | A:A | ||||||||||
| JL099 | A | CX270 | A:A | ||||||||||
| JL101 | A | CX271 | A:A | ||||||||||
| JL103 | A | CX272 | A:A | ||||||||||
| JL105 | A | CX276 | A:A | ||||||||||
| JL108 | A | CX280 | A:A | ||||||||||
| JL113 | A | CX281 | A:A | ||||||||||
| JL208 | A | CX282 | A:A | ||||||||||
| JL209 | A | CX283 | A:A | ||||||||||
| JL210 | A | CX292 | A:A | ||||||||||
| JL211 | A | CX294 | A:A | ||||||||||
| JL212 | A | CX298 | A:A | ||||||||||
| JL214 | A | CX299 | A:A | ||||||||||
| JL215 | A | CX314 | A:A | ||||||||||
| JL216 | A | CX324 | A:A | ||||||||||
| JL217 | A | CX3 | A:A | ||||||||||
| JL218 | A | CX207 | A:A | ||||||||||
| JL220 | A | CX213 | A:A | ||||||||||
| JL221 | A | CX242 | A:A | ||||||||||
| JL224 | A | CX291 | A:A | ||||||||||
| JL225 | A | CX4 | A:A | ||||||||||
| JL226 | A | CX206 | A:A | ||||||||||
| JL227 | A | CX321 | A:A | ||||||||||
| JL228 | A | JL026 | A:A | ||||||||||
| JL229 | A | JL037 | A:A | ||||||||||
| JL230 | A | JL066 | A:A | ||||||||||
| JL231 | A | JL072 | A:A | ||||||||||
| JL232 | A | JL076 | A:A | ||||||||||
| JL233 | A | JL113 | A:A | ||||||||||
| JL234 | A | JL229 | A:A | ||||||||||
| JL237 | A | JL251 | A:A | ||||||||||
| JL238 | A | 390 | A:A | ||||||||||
| JL239 | A | CX173 | A:A | ||||||||||
| JL241 | A | CX181 | A:A | ||||||||||
| JL246 | A | CX185 | A:A | ||||||||||
| JL247 | A | CX186 | A:A | ||||||||||
| JL248 | A | CX196 | A:A | ||||||||||
| JL251 | A | CX198 | A:A | ||||||||||
| JL253 | A | CX201 | A:A | ||||||||||
| JL254 | A | CX202 | A:A | ||||||||||
| JL255 | A | CX204 | A:A | ||||||||||
| JL256 | A | CX205 | A:A | ||||||||||
| JL257 | A | CX209 | A:A | ||||||||||
| JL258 | A | ||||||||||||
| JL260 | A | ||||||||||||
| JL261 | A | ||||||||||||
| JL262 | A | ||||||||||||
| JL263 | A | ||||||||||||
| JL265 | A | ||||||||||||
| JL266 | A | ||||||||||||
| JL267 | A | ||||||||||||
| JL268 | A | ||||||||||||
| JL270 | A | ||||||||||||
| JL271 | A | ||||||||||||
| JL272 | A | ||||||||||||
| JL274 | A | ||||||||||||
| JL275 | A | ||||||||||||
| JL276 | A | ||||||||||||
| JL277 | A | ||||||||||||
| JL278 | A | ||||||||||||
| JL281 | A | ||||||||||||
| JL282 | A | ||||||||||||
| JL287 | A | ||||||||||||
| JL288 | A | ||||||||||||
| JL291 | A | ||||||||||||
| JL293 | A | ||||||||||||
| JL294 | A | ||||||||||||
| JL295 | A | ||||||||||||
| JL296 | A | ||||||||||||
| JL297 | A | ||||||||||||
| JL299 | A | ||||||||||||
| JL300 | A | ||||||||||||
| JL301 | A | ||||||||||||
| JL302 | A | ||||||||||||
| JL303 | A | ||||||||||||
| JL308 | A | ||||||||||||
| JL309 | A | ||||||||||||
| JL310 | A | ||||||||||||
| JL312 | A | ||||||||||||
| JL315 | A | ||||||||||||
| JL318 | A | ||||||||||||
| JL321 | A | ||||||||||||
| JL324 | A | ||||||||||||
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