| Gene | Accession number | Functional annotation | Reference | Controlling trait | P-value | Haplotype | 688Coincidence | Sequence | |||||
| GmSPL9a | Glyma.02G177500 | squamosa promoter binding protein-like 9 | Bao et al. 2019; Cao et al. 2015b | Yield (plant architecture) | 0.002847 | freq | hap | Chr02__29536270 | yeild | FAM | TCTGCCATAGCGAGAGGTTAATAC | ||
| 285 | Hap1 | C | LOW | 169/217 | 77.88% | HEX | TCTGCCATAGCGAGAGGTTAATAT | ||||||
| 96 | Hap3 | T | HIGH | 185/244 | 75.82% | R | AAACGTAGCTGCCGCAAGC | ||||||
| sample_name | Chr02__29536270 | sample_name | FAM | sample_name | Chr02__29536270 | sample_name | HEX | ||||||
| 369 | C | 390 | C:C | 401 | T | 438 | T:T | ||||||
| 390 | C | 405 | C:C | 432 | T | 458 | T:T | ||||||
| 405 | C | B4 | C:C | 438 | T | C2 | T:T | ||||||
| 411 | C | C10 | C:C | 458 | T | C25 | T:T | ||||||
| 413 | C | C15 | C:C | A3 | T | C26 | T:T | ||||||
| B4 | C | C32 | C:C | C1137 | T | C36 | T:T | ||||||
| C10 | C | C38 | C:C | C2 | T | C6 | T:T | ||||||
| C1124 | C | C4 | C:C | C25 | T | C9 | T:T | ||||||
| C15 | C | C42 | C:C | C26 | T | CX105 | T:T | ||||||
| C22 | C | C43 | C:C | C36 | T | CX124 | T:T | ||||||
| C32 | C | C881 | C:C | C40 | T | CX134 | T:T | ||||||
| C38 | C | CX103 | C:C | C6 | T | CX143 | T:T | ||||||
| C4 | C | CX110 | C:C | C8 | T | CX144 | T:T | ||||||
| C42 | C | CX113 | C:C | C884 | T | CX145 | T:T | ||||||
| C43 | C | CX12 | C:C | C9 | T | CX147 | T:T | ||||||
| C7 | C | CX123 | C:C | CX101 | T | CX149 | T:T | ||||||
| C881 | C | CX13 | C:C | CX105 | T | CX156 | T:T | ||||||
| CX103 | C | CX132 | C:C | CX124 | T | CX162 | T:T | ||||||
| CX104 | C | CX137 | C:C | CX130 | T | CX163 | T:T | ||||||
| CX108 | C | CX140 | C:C | CX131 | T | CX17 | T:T | ||||||
| CX110 | C | CX141 | C:C | CX134 | T | CX171 | T:T | ||||||
| CX113 | C | CX142 | C:C | CX143 | T | CX172 | T:T | ||||||
| CX119 | C | CX151 | C:C | CX144 | T | CX183 | T:T | ||||||
| CX12 | C | CX152 | C:C | CX145 | T | CX186 | T:T | ||||||
| CX123 | C | CX154 | C:C | CX147 | T | CX187 | T:T | ||||||
| CX127 | C | CX155 | C:C | CX148 | T | CX193 | T:T | ||||||
| CX13 | C | CX158 | C:C | CX149 | T | CX194 | T:T | ||||||
| CX132 | C | CX159 | C:C | CX156 | T | CX205 | T:T | ||||||
| CX137 | C | CX160 | C:C | CX162 | T | CX206 | T:T | ||||||
| CX138 | C | CX161 | C:C | CX163 | T | CX207 | T:T | ||||||
| CX139 | C | CX169 | C:C | CX168 | T | CX209 | T:T | ||||||
| CX140 | C | CX170 | C:C | CX17 | T | CX213 | T:T | ||||||
| CX141 | C | CX175 | C:C | CX171 | T | CX222 | T:T | ||||||
| CX142 | C | CX178 | C:C | CX172 | T | CX228 | T:T | ||||||
| CX146 | C | CX179 | C:C | CX183 | T | CX251 | T:T | ||||||
| CX150 | C | CX18 | C:C | CX186 | T | CX26 | T:T | ||||||
| CX151 | C | CX180 | C:C | CX187 | T | CX271 | T:T | ||||||
| CX152 | C | CX181 | C:C | CX19 | T | CX273 | T:T | ||||||
| CX153 | C | CX184 | C:C | CX192 | T | CX274 | T:T | ||||||
| CX154 | C | CX185 | C:C | CX193 | T | CX28 | T:T | ||||||
| CX155 | C | CX20 | C:C | CX194 | T | CX283 | T:T | ||||||
| CX157 | C | CX204 | C:C | CX205 | T | CX29 | T:T | ||||||
| CX158 | C | CX218 | C:C | CX206 | T | CX30 | T:T | ||||||
| CX159 | C | CX220 | C:C | CX207 | T | CX308 | T:T | ||||||
| CX160 | C | CX221 | C:C | CX209 | T | CX316 | T:T | ||||||
| CX161 | C | CX24 | C:C | CX210 | T | CX318 | T:T | ||||||
| CX164 | C | CX247 | C:C | CX213 | T | CX319 | T:T | ||||||
| CX169 | C | CX248 | C:C | CX22 | T | CX323 | T:T | ||||||
| CX170 | C | CX256 | C:C | CX222 | T | CX324 | T:T | ||||||
| CX173 | C | CX257 | C:C | CX225 | T | CX327 | T:T | ||||||
| CX175 | C | CX258 | C:C | CX228 | T | CX4 | T:T | ||||||
| CX178 | C | CX259 | C:C | CX235 | T | CX47 | T:T | ||||||
| CX179 | C | CX261 | C:C | CX250 | T | CX50 | T:T | ||||||
| CX18 | C | CX268 | C:C | CX251 | T | CX53 | T:T | ||||||
| CX180 | C | CX270 | C:C | CX253 | T | CX54 | T:T | ||||||
| CX181 | C | CX272 | C:C | CX26 | T | CX6 | T:T | ||||||
| CX184 | C | CX275 | C:C | CX271 | T | CX66 | T:T | ||||||
| CX185 | C | CX276 | C:C | CX273 | T | CX78 | T:T | ||||||
| CX20 | C | CX281 | C:C | CX274 | T | CX84 | T:T | ||||||
| CX201 | C | CX285 | C:C | CX277 | T | CX94 | T:T | ||||||
| CX203 | C | CX287 | C:C | CX28 | T | CX96 | T:T | ||||||
| CX204 | C | CX290 | C:C | CX280 | T | E2 | T:T | ||||||
| CX21 | C | CX291 | C:C | CX283 | T | E4 | T:T | ||||||
| CX218 | C | CX298 | C:C | CX29 | T | H751 | T:T | ||||||
| CX220 | C | CX3 | C:C | CX294 | T | JL001 | T:T | ||||||
| CX221 | C | CX300 | C:C | CX30 | T | JL003 | T:T | ||||||
| CX230 | C | CX305 | C:C | CX308 | T | JL005 | T:T | ||||||
| CX24 | C | CX309 | C:C | CX313 | T | JL006 | T:T | ||||||
| CX242 | C | CX310 | C:C | CX316 | T | JL007 | T:T | ||||||
| CX247 | C | CX311 | C:C | CX318 | T | JL008 | T:T | ||||||
| CX248 | C | CX312 | C:C | CX319 | T | JL009 | T:T | ||||||
| CX249 | C | CX314 | C:C | CX323 | T | JL012 | T:T | ||||||
| CX256 | C | CX315 | C:C | CX324 | T | JL013 | T:T | ||||||
| CX257 | C | CX317 | C:C | CX327 | T | JL017 | T:T | ||||||
| CX258 | C | CX32 | C:C | CX4 | T | JL020 | T:T | ||||||
| CX259 | C | CX320 | C:C | CX47 | T | JL021 | T:T | ||||||
| CX261 | C | CX321 | C:C | CX50 | T | JL026 | T:T | ||||||
| CX262 | C | CX322 | C:C | CX53 | T | JL029 | T:T | ||||||
| CX264 | C | CX326 | C:C | CX54 | T | JL030 | T:T | ||||||
| CX268 | C | CX328 | C:C | CX6 | T | JL031 | T:T | ||||||
| CX269 | C | CX33 | C:C | CX61 | T | JL033 | T:T | ||||||
| CX27 | C | CX34 | C:C | CX63 | T | JL034 | T:T | ||||||
| CX270 | C | CX35 | C:C | CX66 | T | JL037 | T:T | ||||||
| CX272 | C | CX36 | C:C | CX78 | T | JL038 | T:T | ||||||
| CX275 | C | CX38 | C:C | CX80 | T | JL042 | T:T | ||||||
| CX276 | C | CX49 | C:C | CX84 | T | JL044 | T:T | ||||||
| CX278 | C | CX5 | C:C | CX91 | T | JL045 | T:T | ||||||
| CX281 | C | CX57 | C:C | CX94 | T | JL046 | T:T | ||||||
| CX282 | C | CX71 | C:C | CX96 | T | JL050 | T:T | ||||||
| CX285 | C | CX74 | C:C | E2 | T | JL052 | T:T | ||||||
| CX287 | C | CX76 | C:C | E4 | T | JL053 | T:T | ||||||
| CX290 | C | CX92 | C:C | H681 | T | JL055 | T:T | ||||||
| CX291 | C | CX93 | C:C | H751 | T | JL057 | T:T | ||||||
| CX292 | C | H166 | C:C | JL001 | T | JL058 | T:T | ||||||
| CX293 | C | H542 | C:C | JL003 | T | JL062 | T:T | ||||||
| CX298 | C | H660 | C:C | JL004 | T | JL064 | T:T | ||||||
| CX299 | C | H750 | C:C | JL005 | T | JL066 | T:T | ||||||
| CX3 | C | H760 | C:C | JL006 | T | JL067 | T:T | ||||||
| CX300 | C | JL010 | C:C | JL007 | T | JL068 | T:T | ||||||
| CX304 | C | JL016 | C:C | JL008 | T | JL069 | T:T | ||||||
| CX305 | C | JL018 | C:C | JL009 | T | JL072 | T:T | ||||||
| CX307 | C | JL022 | C:C | JL012 | T | JL076 | T:T | ||||||
| CX309 | C | JL023 | C:C | JL013 | T | JL079 | T:T | ||||||
| CX310 | C | JL036 | C:C | JL017 | T | JL080 | T:T | ||||||
| CX311 | C | JL041 | C:C | JL020 | T | JL081 | T:T | ||||||
| CX312 | C | JL047 | C:C | JL021 | T | JL082 | T:T | ||||||
| CX314 | C | JL048 | C:C | JL024 | T | JL084 | T:T | ||||||
| CX315 | C | JL051 | C:C | JL026 | T | JL085 | T:T | ||||||
| CX317 | C | JL060 | C:C | JL027 | T | JL086 | T:T | ||||||
| CX32 | C | JL063 | C:C | JL028 | T | JL089 | T:T | ||||||
| CX320 | C | JL065 | C:C | JL029 | T | JL090 | T:T | ||||||
| CX321 | C | JL073 | C:C | JL030 | T | JL091 | T:T | ||||||
| CX322 | C | JL075 | C:C | JL031 | T | JL095 | T:T | ||||||
| CX326 | C | JL083 | C:C | JL032 | T | JL096 | T:T | ||||||
| CX328 | C | JL092 | C:C | JL033 | T | JL097 | T:T | ||||||
| CX33 | C | JL106 | C:C | JL034 | T | JL098 | T:T | ||||||
| CX34 | C | JL212 | C:C | JL035 | T | JL099 | T:T | ||||||
| CX35 | C | JL217 | C:C | JL037 | T | JL100 | T:T | ||||||
| CX36 | C | JL220 | C:C | JL038 | T | JL101 | T:T | ||||||
| CX38 | C | JL221 | C:C | JL042 | T | JL102 | T:T | ||||||
| CX49 | C | JL222 | C:C | JL044 | T | JL103 | T:T | ||||||
| CX5 | C | JL223 | C:C | JL045 | T | JL107 | T:T | ||||||
| CX57 | C | JL227 | C:C | JL046 | T | JL108 | T:T | ||||||
| CX71 | C | JL229 | C:C | JL050 | T | JL113 | T:T | ||||||
| CX74 | C | JL233 | C:C | JL052 | T | JL162 | T:T | ||||||
| CX76 | C | JL235 | C:C | JL053 | T | JL192 | T:T | ||||||
| CX83 | C | JL238 | C:C | JL055 | T | JL209 | T:T | ||||||
| CX92 | C | JL239 | C:C | JL056 | T | JL213 | T:T | ||||||
| CX93 | C | JL240 | C:C | JL057 | T | JL214 | T:T | ||||||
| CX95 | C | JL241 | C:C | JL058 | T | JL215 | T:T | ||||||
| H166 | C | JL247 | C:C | JL059 | T | JL219 | T:T | ||||||
| H542 | C | JL249 | C:C | JL062 | T | JL224 | T:T | ||||||
| H660 | C | JL253 | C:C | JL064 | T | JL225 | T:T | ||||||
| H750 | C | JL257 | C:C | JL066 | T | JL226 | T:T | ||||||
| H760 | C | JL260 | C:C | JL067 | T | JL228 | T:T | ||||||
| JL002 | C | JL271 | C:C | JL068 | T | JL230 | T:T | ||||||
| JL010 | C | JL273 | C:C | JL069 | T | JL231 | T:T | ||||||
| JL014 | C | JL283 | C:C | JL072 | T | JL232 | T:T | ||||||
| JL015 | C | JL284 | C:C | JL076 | T | JL234 | T:T | ||||||
| JL016 | C | JL287 | C:C | JL079 | T | JL242 | T:T | ||||||
| JL018 | C | JL288 | C:C | JL080 | T | JL243 | T:T | ||||||
| JL019 | C | JL290 | C:C | JL081 | T | JL245 | T:T | ||||||
| JL022 | C | JL291 | C:C | JL082 | T | JL246 | T:T | ||||||
| JL023 | C | JL292 | C:C | JL084 | T | JL251 | T:T | ||||||
| JL025 | C | JL294 | C:C | JL085 | T | JL252 | T:T | ||||||
| JL036 | C | JL295 | C:C | JL086 | T | JL254 | T:T | ||||||
| JL039 | C | JL296 | C:C | JL088 | T | JL255 | T:T | ||||||
| JL041 | C | JL297 | C:C | JL089 | T | JL256 | T:T | ||||||
| JL043 | C | JL299 | C:C | JL090 | T | JL259 | T:T | ||||||
| JL047 | C | JL304 | C:C | JL091 | T | JL262 | T:T | ||||||
| JL048 | C | JL312 | C:C | JL095 | T | JL263 | T:T | ||||||
| JL049 | C | JL314 | C:C | JL096 | T | JL264 | T:T | ||||||
| JL051 | C | JL316 | C:C | JL097 | T | JL265 | T:T | ||||||
| JL054 | C | JL317 | C:C | JL098 | T | JL267 | T:T | ||||||
| JL060 | C | JL318 | C:C | JL099 | T | JL268 | T:T | ||||||
| JL063 | C | JL319 | C:C | JL100 | T | JL269 | T:T | ||||||
| JL065 | C | JL321 | C:C | JL101 | T | JL270 | T:T | ||||||
| JL070 | C | JL324 | C:C | JL102 | T | JL272 | T:T | ||||||
| JL073 | C | JL325 | C:C | JL103 | T | JL274 | T:T | ||||||
| JL075 | C | JL326 | C:C | JL104 | T | JL277 | T:T | ||||||
| JL083 | C | JL328 | C:C | JL105 | T | JL278 | T:T | ||||||
| JL087 | C | JL330 | C:C | JL107 | T | JL279 | T:T | ||||||
| JL092 | C | JL334 | C:C | JL108 | T | JL280 | T:T | ||||||
| JL106 | C | JL339 | C:C | JL113 | T | JL281 | T:T | ||||||
| JL208 | C | JL341 | C:C | JL162 | T | JL282 | T:T | ||||||
| JL212 | C | JL342 | C:C | JL192 | T | JL285 | T:T | ||||||
| JL217 | C | JL345 | C:C | JL209 | T | JL289 | T:T | ||||||
| JL218 | C | JL346 | C:C | JL213 | T | JL293 | T:T | ||||||
| JL220 | C | JL348 | C:C | JL214 | T | JL300 | T:T | ||||||
| JL221 | C | JL215 | T | JL301 | T:T | ||||||||
| JL222 | C | JL219 | T | JL302 | T:T | ||||||||
| JL223 | C | JL224 | T | JL303 | T:T | ||||||||
| JL227 | C | JL225 | T | JL305 | T:T | ||||||||
| JL229 | C | JL226 | T | JL309 | T:T | ||||||||
| JL233 | C | JL228 | T | JL310 | T:T | ||||||||
| JL235 | C | JL230 | T | JL311 | T:T | ||||||||
| JL236 | C | JL231 | T | JL315 | T:T | ||||||||
| JL238 | C | JL232 | T | JL327 | T:T | ||||||||
| JL239 | C | JL234 | T | JL332 | T:T | ||||||||
| JL240 | C | JL237 | T | JL333 | T:T | ||||||||
| JL241 | C | JL242 | T | JL336 | T:T | ||||||||
| JL247 | C | JL243 | T | JL337 | T:T | ||||||||
| JL249 | C | JL244 | T | JL340 | T:T | ||||||||
| JL253 | C | JL245 | T | JL343 | T:T | ||||||||
| JL257 | C | JL246 | T | JL344 | T:T | ||||||||
| JL260 | C | JL248 | T | ||||||||||
| JL266 | C | JL251 | T | ||||||||||
| JL271 | C | JL252 | T | ||||||||||
| JL273 | C | JL254 | T | ||||||||||
| JL275 | C | JL255 | T | ||||||||||
| JL276 | C | JL256 | T | ||||||||||
| JL283 | C | JL258 | T | ||||||||||
| JL284 | C | JL259 | T | ||||||||||
| JL286 | C | JL261 | T | ||||||||||
| JL287 | C | JL262 | T | ||||||||||
| JL288 | C | JL263 | T | ||||||||||
| JL290 | C | JL264 | T | ||||||||||
| JL291 | C | JL265 | T | ||||||||||
| JL292 | C | JL267 | T | ||||||||||
| JL294 | C | JL268 | T | ||||||||||
| JL295 | C | JL269 | T | ||||||||||
| JL296 | C | JL270 | T | ||||||||||
| JL297 | C | JL272 | T | ||||||||||
| JL299 | C | JL274 | T | ||||||||||
| JL304 | C | JL277 | T | ||||||||||
| JL308 | C | JL278 | T | ||||||||||
| JL312 | C | JL279 | T | ||||||||||
| JL313 | C | JL280 | T | ||||||||||
| JL314 | C | JL281 | T | ||||||||||
| JL316 | C | JL282 | T | ||||||||||
| JL317 | C | JL285 | T | ||||||||||
| JL318 | C | JL289 | T | ||||||||||
| JL319 | C | JL293 | T | ||||||||||
| JL321 | C | JL298 | T | ||||||||||
| JL324 | C | JL300 | T | ||||||||||
| JL325 | C | JL301 | T | ||||||||||
| JL326 | C | JL302 | T | ||||||||||
| JL328 | C | JL303 | T | ||||||||||
| JL329 | C | JL305 | T | ||||||||||
| JL330 | C | JL309 | T | ||||||||||
| JL331 | C | JL310 | T | ||||||||||
| JL334 | C | JL311 | T | ||||||||||
| JL339 | C | JL315 | T | ||||||||||
| JL341 | C | JL323 | T | ||||||||||
| JL342 | C | JL327 | T | ||||||||||
| JL345 | C | JL332 | T | ||||||||||
| JL346 | C | JL333 | T | ||||||||||
| JL348 | C | JL336 | T | ||||||||||
| JL337 | T | ||||||||||||
| JL340 | T | ||||||||||||
| JL343 | T | ||||||||||||
| JL344 | T | ||||||||||||
| JL347 | T | ||||||||||||