| Gene | Accession number | Functional annotation | Reference | Controlling trait | P-value | Haplotype | 688Coincidence | Sequence | |||||
| GmCHLI3 | Glyma.07G204300 | magnesium chelatase subunit | Li et al. 2016a | Yield (chlorophyll degradation) | 0.00643 | freq | hap | Chr07__37335753 | yeild | FAM | TGCAAGATATTGAGTACTTAAGAAGTGAGTC | ||
| 434 | Hap1 | C | LOW | 268/342 | 78.36% | HEX | TGCAAGATATTGAGTACTTAAGAAGTGAGTG | ||||||
| 151 | Hap3 | G | HIGH | 47/69 | 68.12% | R | GAGTGAGACTAGGCTAAGGATAAGTTG | ||||||
| sample_name | Chr07__37335753 | sample_name | FAM | sample_name | Chr07__37335753 | sample_name | HEX | ||||||
| 369 | C | 390 | G:G | 458 | G | CX139 | C:C | ||||||
| 390 | C | 401 | G:G | C1137 | G | CX142 | C:C | ||||||
| 401 | C | 432 | G:G | C2 | G | CX186 | C:C | ||||||
| 405 | C | 438 | G:G | CX105 | G | CX194 | C:C | ||||||
| 432 | C | A3 | G:G | CX115 | G | CX206 | C:C | ||||||
| 438 | C | B4 | G:G | CX130 | G | CX207 | C:C | ||||||
| A3 | C | C10 | G:G | CX138 | G | CX217 | C:C | ||||||
| B4 | C | C1124 | G:G | CX139 | G | CX262 | C:C | ||||||
| C10 | C | C15 | G:G | CX142 | G | CX281 | C:C | ||||||
| C1124 | C | C26 | G:G | CX150 | G | CX50 | C:C | ||||||
| C15 | C | C32 | G:G | CX186 | G | JL001 | C:C | ||||||
| C26 | C | C36 | G:G | CX19 | G | JL008 | C:C | ||||||
| C32 | C | C38 | G:G | CX192 | G | JL014 | C:C | ||||||
| C36 | C | C4 | G:G | CX193 | G | JL017 | C:C | ||||||
| C38 | C | C40 | G:G | CX194 | G | JL021 | C:C | ||||||
| C4 | C | C43 | G:G | CX206 | G | JL023 | C:C | ||||||
| C40 | C | C6 | G:G | CX207 | G | JL034 | C:C | ||||||
| C43 | C | C7 | G:G | CX210 | G | JL043 | C:C | ||||||
| C6 | C | C8 | G:G | CX217 | G | JL049 | C:C | ||||||
| C7 | C | C881 | G:G | CX22 | G | JL052 | C:C | ||||||
| C8 | C | C9 | G:G | CX220 | G | JL062 | C:C | ||||||
| C881 | C | CX103 | G:G | CX222 | G | JL067 | C:C | ||||||
| C9 | C | CX104 | G:G | CX247 | G | JL072 | C:C | ||||||
| CX103 | C | CX108 | G:G | CX248 | G | JL080 | C:C | ||||||
| CX104 | C | CX110 | G:G | CX250 | G | JL084 | C:C | ||||||
| CX108 | C | CX113 | G:G | CX256 | G | JL090 | C:C | ||||||
| CX110 | C | CX119 | G:G | CX262 | G | JL091 | C:C | ||||||
| CX113 | C | CX12 | G:G | CX27 | G | JL095 | C:C | ||||||
| CX119 | C | CX123 | G:G | CX274 | G | JL097 | C:C | ||||||
| CX12 | C | CX124 | G:G | CX277 | G | JL162 | C:C | ||||||
| CX123 | C | CX13 | G:G | CX281 | G | JL216 | C:C | ||||||
| CX124 | C | CX131 | G:G | CX283 | G | JL226 | C:C | ||||||
| CX127 | C | CX132 | G:G | CX290 | G | JL238 | C:C | ||||||
| CX13 | C | CX134 | G:G | CX294 | G | JL246 | C:C | ||||||
| CX131 | C | CX137 | G:G | CX299 | G | JL251 | C:C | ||||||
| CX132 | C | CX140 | G:G | CX3 | G | JL254 | C:C | ||||||
| CX134 | C | CX141 | G:G | CX305 | G | JL259 | C:C | ||||||
| CX135 | C | CX143 | G:G | CX311 | G | JL273 | C:C | ||||||
| CX137 | C | CX144 | G:G | CX312 | G | JL288 | C:C | ||||||
| CX140 | C | CX145 | G:G | CX313 | G | JL293 | C:C | ||||||
| CX141 | C | CX148 | G:G | CX316 | G | JL296 | C:C | ||||||
| CX143 | C | CX149 | G:G | CX35 | G | JL297 | C:C | ||||||
| CX144 | C | CX151 | G:G | CX4 | G | JL302 | C:C | ||||||
| CX145 | C | CX152 | G:G | CX49 | G | JL303 | C:C | ||||||
| CX148 | C | CX153 | G:G | CX50 | G | JL313 | C:C | ||||||
| CX149 | C | CX154 | G:G | CX6 | G | JL337 | C:C | ||||||
| CX151 | C | CX156 | G:G | CX61 | G | JL345 | C:C | ||||||
| CX152 | C | CX157 | G:G | CX83 | G | ||||||||
| CX153 | C | CX158 | G:G | CX94 | G | ||||||||
| CX154 | C | CX160 | G:G | CX95 | G | ||||||||
| CX156 | C | CX162 | G:G | E2 | G | ||||||||
| CX157 | C | CX163 | G:G | E4 | G | ||||||||
| CX158 | C | CX168 | G:G | H166 | G | ||||||||
| CX160 | C | CX169 | G:G | H660 | G | ||||||||
| CX162 | C | CX17 | G:G | H750 | G | ||||||||
| CX163 | C | CX170 | G:G | JL001 | G | ||||||||
| CX164 | C | CX171 | G:G | JL002 | G | ||||||||
| CX168 | C | CX172 | G:G | JL008 | G | ||||||||
| CX169 | C | CX173 | G:G | JL011 | G | ||||||||
| CX17 | C | CX175 | G:G | JL013 | G | ||||||||
| CX170 | C | CX178 | G:G | JL014 | G | ||||||||
| CX171 | C | CX179 | G:G | JL015 | G | ||||||||
| CX172 | C | CX18 | G:G | JL017 | G | ||||||||
| CX173 | C | CX180 | G:G | JL021 | G | ||||||||
| CX175 | C | CX181 | G:G | JL023 | G | ||||||||
| CX178 | C | CX183 | G:G | JL025 | G | ||||||||
| CX179 | C | CX184 | G:G | JL030 | G | ||||||||
| CX18 | C | CX185 | G:G | JL034 | G | ||||||||
| CX180 | C | CX187 | G:G | JL043 | G | ||||||||
| CX181 | C | CX199 | G:G | JL044 | G | ||||||||
| CX183 | C | CX20 | G:G | JL049 | G | ||||||||
| CX184 | C | CX201 | G:G | JL052 | G | ||||||||
| CX185 | C | CX202 | G:G | JL058 | G | ||||||||
| CX187 | C | CX203 | G:G | JL061 | G | ||||||||
| CX199 | C | CX204 | G:G | JL062 | G | ||||||||
| CX20 | C | CX205 | G:G | JL066 | G | ||||||||
| CX201 | C | CX21 | G:G | JL067 | G | ||||||||
| CX202 | C | CX211 | G:G | JL070 | G | ||||||||
| CX203 | C | CX213 | G:G | JL072 | G | ||||||||
| CX204 | C | CX215 | G:G | JL080 | G | ||||||||
| CX205 | C | CX221 | G:G | JL084 | G | ||||||||
| CX209 | C | CX225 | G:G | JL087 | G | ||||||||
| CX21 | C | CX228 | G:G | JL090 | G | ||||||||
| CX211 | C | CX235 | G:G | JL091 | G | ||||||||
| CX213 | C | CX242 | G:G | JL095 | G | ||||||||
| CX215 | C | CX243 | G:G | JL097 | G | ||||||||
| CX221 | C | CX246 | G:G | JL101 | G | ||||||||
| CX225 | C | CX251 | G:G | JL105 | G | ||||||||
| CX228 | C | CX253 | G:G | JL216 | G | ||||||||
| CX230 | C | CX257 | G:G | JL222 | G | ||||||||
| CX235 | C | CX258 | G:G | JL226 | G | ||||||||
| CX242 | C | CX259 | G:G | JL228 | G | ||||||||
| CX243 | C | CX26 | G:G | JL232 | G | ||||||||
| CX246 | C | CX261 | G:G | JL233 | G | ||||||||
| CX249 | C | CX264 | G:G | JL238 | G | ||||||||
| CX251 | C | CX269 | G:G | JL239 | G | ||||||||
| CX253 | C | CX270 | G:G | JL246 | G | ||||||||
| CX257 | C | CX271 | G:G | JL248 | G | ||||||||
| CX258 | C | CX272 | G:G | JL251 | G | ||||||||
| CX259 | C | CX273 | G:G | JL254 | G | ||||||||
| CX26 | C | CX275 | G:G | JL258 | G | ||||||||
| CX261 | C | CX276 | G:G | JL259 | G | ||||||||
| CX264 | C | CX278 | G:G | JL260 | G | ||||||||
| CX268 | C | CX280 | G:G | JL261 | G | ||||||||
| CX269 | C | CX285 | G:G | JL266 | G | ||||||||
| CX270 | C | CX287 | G:G | JL267 | G | ||||||||
| CX271 | C | CX291 | G:G | JL273 | G | ||||||||
| CX272 | C | CX293 | G:G | JL284 | G | ||||||||
| CX273 | C | CX300 | G:G | JL288 | G | ||||||||
| CX275 | C | CX304 | G:G | JL292 | G | ||||||||
| CX276 | C | CX307 | G:G | JL293 | G | ||||||||
| CX278 | C | CX308 | G:G | JL296 | G | ||||||||
| CX280 | C | CX309 | G:G | JL297 | G | ||||||||
| CX282 | C | CX310 | G:G | JL302 | G | ||||||||
| CX285 | C | CX315 | G:G | JL303 | G | ||||||||
| CX287 | C | CX317 | G:G | JL313 | G | ||||||||
| CX291 | C | CX318 | G:G | JL334 | G | ||||||||
| CX292 | C | CX319 | G:G | JL337 | G | ||||||||
| CX293 | C | CX32 | G:G | JL342 | G | ||||||||
| CX300 | C | CX321 | G:G | JL345 | G | ||||||||
| CX304 | C | CX322 | G:G | ||||||||||
| CX307 | C | CX323 | G:G | ||||||||||
| CX308 | C | CX324 | G:G | ||||||||||
| CX309 | C | CX326 | G:G | ||||||||||
| CX310 | C | CX327 | G:G | ||||||||||
| CX315 | C | CX328 | G:G | ||||||||||
| CX317 | C | CX36 | G:G | ||||||||||
| CX318 | C | CX47 | G:G | ||||||||||
| CX319 | C | CX48 | G:G | ||||||||||
| CX32 | C | CX5 | G:G | ||||||||||
| CX320 | C | CX53 | G:G | ||||||||||
| CX321 | C | CX57 | G:G | ||||||||||
| CX322 | C | CX64 | G:G | ||||||||||
| CX323 | C | CX68 | G:G | ||||||||||
| CX324 | C | CX71 | G:G | ||||||||||
| CX326 | C | CX76 | G:G | ||||||||||
| CX327 | C | CX84 | G:G | ||||||||||
| CX328 | C | CX90 | G:G | ||||||||||
| CX34 | C | CX91 | G:G | ||||||||||
| CX36 | C | CX92 | G:G | ||||||||||
| CX47 | C | CX96 | G:G | ||||||||||
| CX48 | C | H681 | G:G | ||||||||||
| CX5 | C | H751 | G:G | ||||||||||
| CX53 | C | H760 | G:G | ||||||||||
| CX57 | C | JL003 | G:G | ||||||||||
| CX64 | C | JL006 | G:G | ||||||||||
| CX68 | C | JL009 | G:G | ||||||||||
| CX71 | C | JL016 | G:G | ||||||||||
| CX76 | C | JL018 | G:G | ||||||||||
| CX84 | C | JL019 | G:G | ||||||||||
| CX90 | C | JL020 | G:G | ||||||||||
| CX91 | C | JL022 | G:G | ||||||||||
| CX92 | C | JL024 | G:G | ||||||||||
| CX96 | C | JL026 | G:G | ||||||||||
| H681 | C | JL027 | G:G | ||||||||||
| H751 | C | JL028 | G:G | ||||||||||
| H760 | C | JL031 | G:G | ||||||||||
| JL003 | C | JL032 | G:G | ||||||||||
| JL006 | C | JL033 | G:G | ||||||||||
| JL007 | C | JL035 | G:G | ||||||||||
| JL009 | C | JL036 | G:G | ||||||||||
| JL016 | C | JL041 | G:G | ||||||||||
| JL018 | C | JL045 | G:G | ||||||||||
| JL019 | C | JL046 | G:G | ||||||||||
| JL020 | C | JL047 | G:G | ||||||||||
| JL022 | C | JL048 | G:G | ||||||||||
| JL024 | C | JL050 | G:G | ||||||||||
| JL026 | C | JL051 | G:G | ||||||||||
| JL027 | C | JL054 | G:G | ||||||||||
| JL028 | C | JL055 | G:G | ||||||||||
| JL031 | C | JL056 | G:G | ||||||||||
| JL032 | C | JL057 | G:G | ||||||||||
| JL033 | C | JL059 | G:G | ||||||||||
| JL035 | C | JL060 | G:G | ||||||||||
| JL036 | C | JL063 | G:G | ||||||||||
| JL041 | C | JL064 | G:G | ||||||||||
| JL042 | C | JL065 | G:G | ||||||||||
| JL045 | C | JL068 | G:G | ||||||||||
| JL046 | C | JL073 | G:G | ||||||||||
| JL047 | C | JL075 | G:G | ||||||||||
| JL048 | C | JL076 | G:G | ||||||||||
| JL050 | C | JL079 | G:G | ||||||||||
| JL051 | C | JL082 | G:G | ||||||||||
| JL054 | C | JL083 | G:G | ||||||||||
| JL055 | C | JL085 | G:G | ||||||||||
| JL056 | C | JL086 | G:G | ||||||||||
| JL057 | C | JL088 | G:G | ||||||||||
| JL059 | C | JL089 | G:G | ||||||||||
| JL060 | C | JL092 | G:G | ||||||||||
| JL063 | C | JL096 | G:G | ||||||||||
| JL064 | C | JL098 | G:G | ||||||||||
| JL065 | C | JL099 | G:G | ||||||||||
| JL068 | C | JL100 | G:G | ||||||||||
| JL069 | C | JL102 | G:G | ||||||||||
| JL073 | C | JL103 | G:G | ||||||||||
| JL075 | C | JL104 | G:G | ||||||||||
| JL076 | C | JL106 | G:G | ||||||||||
| JL079 | C | JL107 | G:G | ||||||||||
| JL082 | C | JL108 | G:G | ||||||||||
| JL083 | C | JL113 | G:G | ||||||||||
| JL085 | C | JL212 | G:G | ||||||||||
| JL086 | C | JL213 | G:G | ||||||||||
| JL088 | C | JL215 | G:G | ||||||||||
| JL089 | C | JL218 | G:G | ||||||||||
| JL092 | C | JL219 | G:G | ||||||||||
| JL096 | C | JL220 | G:G | ||||||||||
| JL098 | C | JL221 | G:G | ||||||||||
| JL099 | C | JL223 | G:G | ||||||||||
| JL100 | C | JL225 | G:G | ||||||||||
| JL102 | C | JL227 | G:G | ||||||||||
| JL103 | C | JL230 | G:G | ||||||||||
| JL104 | C | JL231 | G:G | ||||||||||
| JL106 | C | JL234 | G:G | ||||||||||
| JL107 | C | JL235 | G:G | ||||||||||
| JL108 | C | JL236 | G:G | ||||||||||
| JL113 | C | JL237 | G:G | ||||||||||
| JL210 | C | JL240 | G:G | ||||||||||
| JL212 | C | JL241 | G:G | ||||||||||
| JL213 | C | JL243 | G:G | ||||||||||
| JL215 | C | JL245 | G:G | ||||||||||
| JL218 | C | JL247 | G:G | ||||||||||
| JL219 | C | JL249 | G:G | ||||||||||
| JL220 | C | JL250 | G:G | ||||||||||
| JL221 | C | JL252 | G:G | ||||||||||
| JL223 | C | JL253 | G:G | ||||||||||
| JL225 | C | JL256 | G:G | ||||||||||
| JL227 | C | JL262 | G:G | ||||||||||
| JL230 | C | JL264 | G:G | ||||||||||
| JL231 | C | JL265 | G:G | ||||||||||
| JL234 | C | JL268 | G:G | ||||||||||
| JL235 | C | JL269 | G:G | ||||||||||
| JL236 | C | JL270 | G:G | ||||||||||
| JL237 | C | JL271 | G:G | ||||||||||
| JL240 | C | JL274 | G:G | ||||||||||
| JL241 | C | JL276 | G:G | ||||||||||
| JL242 | C | JL277 | G:G | ||||||||||
| JL243 | C | JL278 | G:G | ||||||||||
| JL245 | C | JL279 | G:G | ||||||||||
| JL247 | C | JL280 | G:G | ||||||||||
| JL249 | C | JL282 | G:G | ||||||||||
| JL250 | C | JL283 | G:G | ||||||||||
| JL252 | C | JL285 | G:G | ||||||||||
| JL253 | C | JL286 | G:G | ||||||||||
| JL255 | C | JL287 | G:G | ||||||||||
| JL256 | C | JL289 | G:G | ||||||||||
| JL262 | C | JL290 | G:G | ||||||||||
| JL263 | C | JL291 | G:G | ||||||||||
| JL264 | C | JL294 | G:G | ||||||||||
| JL265 | C | JL295 | G:G | ||||||||||
| JL268 | C | JL298 | G:G | ||||||||||
| JL269 | C | JL299 | G:G | ||||||||||
| JL270 | C | JL300 | G:G | ||||||||||
| JL271 | C | JL304 | G:G | ||||||||||
| JL274 | C | JL308 | G:G | ||||||||||
| JL275 | C | JL310 | G:G | ||||||||||
| JL276 | C | JL311 | G:G | ||||||||||
| JL277 | C | JL312 | G:G | ||||||||||
| JL278 | C | JL315 | G:G | ||||||||||
| JL279 | C | JL316 | G:G | ||||||||||
| JL280 | C | JL317 | G:G | ||||||||||
| JL281 | C | JL318 | G:G | ||||||||||
| JL282 | C | JL319 | G:G | ||||||||||
| JL283 | C | JL320 | G:G | ||||||||||
| JL285 | C | JL321 | G:G | ||||||||||
| JL286 | C | JL333 | G:G | ||||||||||
| JL287 | C | JL335 | G:G | ||||||||||
| JL289 | C | JL346 | G:G | ||||||||||
| JL290 | C | JL348 | G:G | ||||||||||
| JL291 | C | ||||||||||||
| JL294 | C | ||||||||||||
| JL295 | C | ||||||||||||
| JL298 | C | ||||||||||||
| JL299 | C | ||||||||||||
| JL300 | C | ||||||||||||
| JL304 | C | ||||||||||||
| JL308 | C | ||||||||||||
| JL310 | C | ||||||||||||
| JL311 | C | ||||||||||||
| JL312 | C | ||||||||||||
| JL315 | C | ||||||||||||
| JL316 | C | ||||||||||||
| JL317 | C | ||||||||||||
| JL318 | C | ||||||||||||
| JL319 | C | ||||||||||||
| JL320 | C | ||||||||||||
| JL321 | C | ||||||||||||
| JL333 | C | ||||||||||||
| JL335 | C | ||||||||||||
| JL346 | C | ||||||||||||
| JL348 | C | ||||||||||||