| Gene | Accession number | Functional annotation | Reference | Controlling trait | P-value | Haplotype | 688Coincidence | Sequence | |||||
| CRY2a | Glyma.20G209900 | Cryptochrome 2c | Meng et al. 2013 | Yield (leaf senescence) | 0.000084 | freq | hap | Chr20__44604121 | yeild | FAM | CTCGGACTATAATATAAGTGAGATGTGAAAC | ||
| 254 | Hap2 | A | LOW | 196/268 | 73.13% | HEX | CTCGGACTATAATATAAGTGAGATGTGAAAT | ||||||
| 172 | Hap3 | G | HIGH | 106/148 | 71.62% | R | TAAGGCTGGATCTTTACTTGATTTGGT | ||||||
| sample_name | Chr20__44604121 | sample_name | FAM | sample_name | Chr20__44604121 | sample_name | HEX | ||||||
| 369 | A | 369 | A:A | 401 | G | 401 | G:G | ||||||
| 390 | A | 390 | A:A | 432 | G | 438 | G:G | ||||||
| 405 | A | 405 | A:A | 438 | G | CX110 | G:G | ||||||
| 411 | A | 411 | A:A | 458 | G | CX119 | G:G | ||||||
| 413 | A | 413 | A:A | C1137 | G | CX138 | G:G | ||||||
| A3 | A | A3 | A:A | C15 | G | CX144 | G:G | ||||||
| B4 | A | B4 | A:A | C22 | G | CX146 | G:G | ||||||
| C10 | A | C10 | A:A | C26 | G | CX153 | G:G | ||||||
| C1124 | A | C2 | A:A | C32 | G | CX201 | G:G | ||||||
| C2 | A | C23 | A:A | CX110 | G | CX202 | G:G | ||||||
| C23 | A | C36 | A:A | CX115 | G | CX203 | G:G | ||||||
| C36 | A | C38 | A:A | CX119 | G | CX204 | G:G | ||||||
| C38 | A | C4 | A:A | CX138 | G | CX209 | G:G | ||||||
| C4 | A | C43 | A:A | CX139 | G | CX222 | G:G | ||||||
| C40 | A | C7 | A:A | CX144 | G | CX246 | G:G | ||||||
| C43 | A | C8 | A:A | CX146 | G | CX249 | G:G | ||||||
| C6 | A | C881 | A:A | CX147 | G | CX250 | G:G | ||||||
| C7 | A | C884 | A:A | CX149 | G | CX258 | G:G | ||||||
| C8 | A | C9 | A:A | CX153 | G | CX261 | G:G | ||||||
| C881 | A | CX1 | A:A | CX157 | G | CX264 | G:G | ||||||
| C884 | A | CX104 | A:A | CX184 | G | CX270 | G:G | ||||||
| C9 | A | CX12 | A:A | CX192 | G | CX271 | G:G | ||||||
| CX1 | A | CX123 | A:A | CX199 | G | CX272 | G:G | ||||||
| CX101 | A | CX124 | A:A | CX20 | G | CX275 | G:G | ||||||
| CX104 | A | CX13 | A:A | CX201 | G | CX28 | G:G | ||||||
| CX105 | A | CX131 | A:A | CX202 | G | CX291 | G:G | ||||||
| CX12 | A | CX134 | A:A | CX203 | G | CX294 | G:G | ||||||
| CX123 | A | CX140 | A:A | CX204 | G | CX30 | G:G | ||||||
| CX124 | A | CX141 | A:A | CX209 | G | CX33 | G:G | ||||||
| CX13 | A | CX142 | A:A | CX21 | G | CX47 | G:G | ||||||
| CX130 | A | CX143 | A:A | CX22 | G | CX5 | G:G | ||||||
| CX131 | A | CX150 | A:A | CX222 | G | CX50 | G:G | ||||||
| CX134 | A | CX151 | A:A | CX235 | G | CX61 | G:G | ||||||
| CX140 | A | CX156 | A:A | CX246 | G | CX74 | G:G | ||||||
| CX141 | A | CX159 | A:A | CX249 | G | H542 | G:G | ||||||
| CX142 | A | CX160 | A:A | CX250 | G | JL011 | G:G | ||||||
| CX143 | A | CX162 | A:A | CX251 | G | JL018 | G:G | ||||||
| CX148 | A | CX163 | A:A | CX258 | G | JL021 | G:G | ||||||
| CX150 | A | CX168 | A:A | CX261 | G | JL025 | G:G | ||||||
| CX151 | A | CX169 | A:A | CX264 | G | JL031 | G:G | ||||||
| CX154 | A | CX17 | A:A | CX269 | G | JL035 | G:G | ||||||
| CX155 | A | CX170 | A:A | CX27 | G | JL036 | G:G | ||||||
| CX156 | A | CX171 | A:A | CX270 | G | JL039 | G:G | ||||||
| CX158 | A | CX172 | A:A | CX271 | G | JL041 | G:G | ||||||
| CX159 | A | CX173 | A:A | CX272 | G | JL045 | G:G | ||||||
| CX160 | A | CX178 | A:A | CX274 | G | JL048 | G:G | ||||||
| CX161 | A | CX179 | A:A | CX275 | G | JL051 | G:G | ||||||
| CX162 | A | CX18 | A:A | CX28 | G | JL056 | G:G | ||||||
| CX163 | A | CX180 | A:A | CX282 | G | JL060 | G:G | ||||||
| CX164 | A | CX181 | A:A | CX290 | G | JL071 | G:G | ||||||
| CX168 | A | CX186 | A:A | CX291 | G | JL076 | G:G | ||||||
| CX169 | A | CX194 | A:A | CX294 | G | JL079 | G:G | ||||||
| CX17 | A | CX198 | A:A | CX298 | G | JL081 | G:G | ||||||
| CX170 | A | CX205 | A:A | CX30 | G | JL084 | G:G | ||||||
| CX171 | A | CX206 | A:A | CX300 | G | JL085 | G:G | ||||||
| CX172 | A | CX207 | A:A | CX307 | G | JL086 | G:G | ||||||
| CX173 | A | CX210 | A:A | CX308 | G | JL091 | G:G | ||||||
| CX178 | A | CX211 | A:A | CX312 | G | JL097 | G:G | ||||||
| CX179 | A | CX217 | A:A | CX320 | G | JL102 | G:G | ||||||
| CX18 | A | CX218 | A:A | CX323 | G | JL192 | G:G | ||||||
| CX180 | A | CX220 | A:A | CX33 | G | JL212 | G:G | ||||||
| CX181 | A | CX221 | A:A | CX34 | G | JL216 | G:G | ||||||
| CX186 | A | CX225 | A:A | CX36 | G | JL220 | G:G | ||||||
| CX19 | A | CX228 | A:A | CX38 | G | JL221 | G:G | ||||||
| CX194 | A | CX230 | A:A | CX47 | G | JL223 | G:G | ||||||
| CX198 | A | CX24 | A:A | CX5 | G | JL227 | G:G | ||||||
| CX205 | A | CX242 | A:A | CX50 | G | JL228 | G:G | ||||||
| CX206 | A | CX243 | A:A | CX6 | G | JL229 | G:G | ||||||
| CX207 | A | CX253 | A:A | CX61 | G | JL251 | G:G | ||||||
| CX210 | A | CX257 | A:A | CX71 | G | JL253 | G:G | ||||||
| CX211 | A | CX26 | A:A | CX74 | G | JL256 | G:G | ||||||
| CX217 | A | CX262 | A:A | CX78 | G | JL257 | G:G | ||||||
| CX218 | A | CX268 | A:A | CX83 | G | JL260 | G:G | ||||||
| CX220 | A | CX273 | A:A | CX84 | G | JL262 | G:G | ||||||
| CX221 | A | CX277 | A:A | H542 | G | JL265 | G:G | ||||||
| CX225 | A | CX281 | A:A | H751 | G | JL268 | G:G | ||||||
| CX228 | A | CX283 | A:A | JL011 | G | JL269 | G:G | ||||||
| CX230 | A | CX285 | A:A | JL015 | G | JL271 | G:G | ||||||
| CX24 | A | CX29 | A:A | JL018 | G | JL272 | G:G | ||||||
| CX242 | A | CX292 | A:A | JL019 | G | JL281 | G:G | ||||||
| CX243 | A | CX293 | A:A | JL021 | G | JL282 | G:G | ||||||
| CX247 | A | CX3 | A:A | JL022 | G | JL285 | G:G | ||||||
| CX248 | A | CX305 | A:A | JL025 | G | JL287 | G:G | ||||||
| CX253 | A | CX309 | A:A | JL031 | G | JL288 | G:G | ||||||
| CX256 | A | CX310 | A:A | JL032 | G | JL292 | G:G | ||||||
| CX257 | A | CX311 | A:A | JL035 | G | JL294 | G:G | ||||||
| CX259 | A | CX313 | A:A | JL036 | G | JL297 | G:G | ||||||
| CX26 | A | CX314 | A:A | JL039 | G | JL311 | G:G | ||||||
| CX262 | A | CX315 | A:A | JL041 | G | JL312 | G:G | ||||||
| CX268 | A | CX316 | A:A | JL043 | G | JL314 | G:G | ||||||
| CX273 | A | CX317 | A:A | JL044 | G | JL321 | G:G | ||||||
| CX276 | A | CX318 | A:A | JL045 | G | JL324 | G:G | ||||||
| CX277 | A | CX32 | A:A | JL048 | G | JL330 | G:G | ||||||
| CX278 | A | CX321 | A:A | JL049 | G | JL332 | G:G | ||||||
| CX280 | A | CX322 | A:A | JL051 | G | JL345 | G:G | ||||||
| CX281 | A | CX324 | A:A | JL056 | G | JL346 | G:G | ||||||
| CX283 | A | CX326 | A:A | JL060 | G | ||||||||
| CX285 | A | CX327 | A:A | JL069 | G | ||||||||
| CX287 | A | CX328 | A:A | JL071 | G | ||||||||
| CX29 | A | CX35 | A:A | JL076 | G | ||||||||
| CX292 | A | CX4 | A:A | JL079 | G | ||||||||
| CX293 | A | CX48 | A:A | JL080 | G | ||||||||
| CX299 | A | CX53 | A:A | JL081 | G | ||||||||
| CX3 | A | CX54 | A:A | JL084 | G | ||||||||
| CX304 | A | CX57 | A:A | JL085 | G | ||||||||
| CX305 | A | CX65 | A:A | JL086 | G | ||||||||
| CX309 | A | CX66 | A:A | JL087 | G | ||||||||
| CX310 | A | CX76 | A:A | JL088 | G | ||||||||
| CX311 | A | CX92 | A:A | JL091 | G | ||||||||
| CX313 | A | CX93 | A:A | JL097 | G | ||||||||
| CX314 | A | CX94 | A:A | JL102 | G | ||||||||
| CX315 | A | CX95 | A:A | JL106 | G | ||||||||
| CX316 | A | E2 | A:A | JL192 | G | ||||||||
| CX317 | A | E4 | A:A | JL212 | G | ||||||||
| CX318 | A | H660 | A:A | JL213 | G | ||||||||
| CX32 | A | H681 | A:A | JL216 | G | ||||||||
| CX321 | A | H750 | A:A | JL218 | G | ||||||||
| CX322 | A | H760 | A:A | JL220 | G | ||||||||
| CX324 | A | JL005 | A:A | JL221 | G | ||||||||
| CX326 | A | JL007 | A:A | JL223 | G | ||||||||
| CX327 | A | JL008 | A:A | JL227 | G | ||||||||
| CX328 | A | JL009 | A:A | JL228 | G | ||||||||
| CX35 | A | JL012 | A:A | JL229 | G | ||||||||
| CX4 | A | JL013 | A:A | JL236 | G | ||||||||
| CX48 | A | JL014 | A:A | JL237 | G | ||||||||
| CX53 | A | JL020 | A:A | JL241 | G | ||||||||
| CX54 | A | JL023 | A:A | JL244 | G | ||||||||
| CX57 | A | JL024 | A:A | JL251 | G | ||||||||
| CX65 | A | JL026 | A:A | JL253 | G | ||||||||
| CX66 | A | JL027 | A:A | JL254 | G | ||||||||
| CX76 | A | JL028 | A:A | JL255 | G | ||||||||
| CX80 | A | JL029 | A:A | JL256 | G | ||||||||
| CX92 | A | JL030 | A:A | JL257 | G | ||||||||
| CX93 | A | JL033 | A:A | JL260 | G | ||||||||
| CX94 | A | JL034 | A:A | JL262 | G | ||||||||
| CX95 | A | JL037 | A:A | JL265 | G | ||||||||
| E2 | A | JL042 | A:A | JL268 | G | ||||||||
| E4 | A | JL052 | A:A | JL269 | G | ||||||||
| H166 | A | JL053 | A:A | JL271 | G | ||||||||
| H660 | A | JL055 | A:A | JL272 | G | ||||||||
| H681 | A | JL057 | A:A | JL275 | G | ||||||||
| H750 | A | JL062 | A:A | JL276 | G | ||||||||
| H760 | A | JL063 | A:A | JL281 | G | ||||||||
| JL005 | A | JL064 | A:A | JL282 | G | ||||||||
| JL007 | A | JL066 | A:A | JL283 | G | ||||||||
| JL008 | A | JL067 | A:A | JL285 | G | ||||||||
| JL009 | A | JL068 | A:A | JL287 | G | ||||||||
| JL012 | A | JL070 | A:A | JL288 | G | ||||||||
| JL013 | A | JL072 | A:A | JL292 | G | ||||||||
| JL014 | A | JL082 | A:A | JL294 | G | ||||||||
| JL017 | A | JL092 | A:A | JL297 | G | ||||||||
| JL020 | A | JL096 | A:A | JL298 | G | ||||||||
| JL023 | A | JL098 | A:A | JL304 | G | ||||||||
| JL024 | A | JL099 | A:A | JL308 | G | ||||||||
| JL026 | A | JL100 | A:A | JL309 | G | ||||||||
| JL027 | A | JL103 | A:A | JL311 | G | ||||||||
| JL028 | A | JL107 | A:A | JL312 | G | ||||||||
| JL029 | A | JL108 | A:A | JL313 | G | ||||||||
| JL030 | A | JL113 | A:A | JL314 | G | ||||||||
| JL033 | A | JL162 | A:A | JL321 | G | ||||||||
| JL034 | A | JL215 | A:A | JL324 | G | ||||||||
| JL037 | A | JL217 | A:A | JL325 | G | ||||||||
| JL042 | A | JL219 | A:A | JL330 | G | ||||||||
| JL052 | A | JL222 | A:A | JL332 | G | ||||||||
| JL053 | A | JL226 | A:A | JL339 | G | ||||||||
| JL055 | A | JL230 | A:A | JL341 | G | ||||||||
| JL057 | A | JL231 | A:A | JL345 | G | ||||||||
| JL058 | A | JL233 | A:A | JL346 | G | ||||||||
| JL059 | A | JL234 | A:A | ||||||||||
| JL061 | A | JL235 | A:A | ||||||||||
| JL062 | A | JL238 | A:A | ||||||||||
| JL063 | A | JL239 | A:A | ||||||||||
| JL064 | A | JL240 | A:A | ||||||||||
| JL066 | A | JL242 | A:A | ||||||||||
| JL067 | A | JL243 | A:A | ||||||||||
| JL068 | A | JL245 | A:A | ||||||||||
| JL070 | A | JL246 | A:A | ||||||||||
| JL072 | A | JL247 | A:A | ||||||||||
| JL082 | A | JL249 | A:A | ||||||||||
| JL092 | A | JL250 | A:A | ||||||||||
| JL096 | A | JL252 | A:A | ||||||||||
| JL098 | A | JL259 | A:A | ||||||||||
| JL099 | A | JL267 | A:A | ||||||||||
| JL100 | A | JL270 | A:A | ||||||||||
| JL101 | A | JL273 | A:A | ||||||||||
| JL103 | A | JL274 | A:A | ||||||||||
| JL104 | A | JL277 | A:A | ||||||||||
| JL105 | A | JL278 | A:A | ||||||||||
| JL107 | A | JL279 | A:A | ||||||||||
| JL108 | A | JL280 | A:A | ||||||||||
| JL113 | A | JL289 | A:A | ||||||||||
| JL162 | A | JL293 | A:A | ||||||||||
| JL214 | A | JL295 | A:A | ||||||||||
| JL215 | A | JL296 | A:A | ||||||||||
| JL217 | A | JL299 | A:A | ||||||||||
| JL219 | A | JL300 | A:A | ||||||||||
| JL222 | A | JL301 | A:A | ||||||||||
| JL226 | A | JL302 | A:A | ||||||||||
| JL230 | A | JL303 | A:A | ||||||||||
| JL231 | A | JL305 | A:A | ||||||||||
| JL233 | A | JL315 | A:A | ||||||||||
| JL234 | A | JL316 | A:A | ||||||||||
| JL235 | A | JL317 | A:A | ||||||||||
| JL238 | A | JL318 | A:A | ||||||||||
| JL239 | A | JL319 | A:A | ||||||||||
| JL240 | A | JL320 | A:A | ||||||||||
| JL242 | A | JL326 | A:A | ||||||||||
| JL243 | A | JL327 | A:A | ||||||||||
| JL245 | A | JL328 | A:A | ||||||||||
| JL246 | A | JL333 | A:A | ||||||||||
| JL247 | A | JL334 | A:A | ||||||||||
| JL249 | A | JL335 | A:A | ||||||||||
| JL250 | A | JL336 | A:A | ||||||||||
| JL252 | A | JL337 | A:A | ||||||||||
| JL258 | A | JL340 | A:A | ||||||||||
| JL259 | A | JL342 | A:A | ||||||||||
| JL261 | A | JL343 | A:A | ||||||||||
| JL263 | A | JL347 | A:A | ||||||||||
| JL266 | A | JL348 | A:A | ||||||||||
| JL267 | A | ||||||||||||
| JL270 | A | ||||||||||||
| JL273 | A | ||||||||||||
| JL274 | A | ||||||||||||
| JL277 | A | ||||||||||||
| JL278 | A | ||||||||||||
| JL279 | A | ||||||||||||
| JL280 | A | ||||||||||||
| JL284 | A | ||||||||||||
| JL286 | A | ||||||||||||
| JL289 | A | ||||||||||||
| JL290 | A | ||||||||||||
| JL291 | A | ||||||||||||
| JL293 | A | ||||||||||||
| JL295 | A | ||||||||||||
| JL296 | A | ||||||||||||
| JL299 | A | ||||||||||||
| JL300 | A | ||||||||||||
| JL301 | A | ||||||||||||
| JL302 | A | ||||||||||||
| JL303 | A | ||||||||||||
| JL305 | A | ||||||||||||
| JL310 | A | ||||||||||||
| JL315 | A | ||||||||||||
| JL316 | A | ||||||||||||
| JL317 | A | ||||||||||||
| JL318 | A | ||||||||||||
| JL319 | A | ||||||||||||
| JL320 | A | ||||||||||||
| JL326 | A | ||||||||||||
| JL327 | A | ||||||||||||
| JL328 | A | ||||||||||||
| JL333 | A | ||||||||||||
| JL334 | A | ||||||||||||
| JL335 | A | ||||||||||||
| JL336 | A | ||||||||||||
| JL337 | A | ||||||||||||
| JL340 | A | ||||||||||||
| JL342 | A | ||||||||||||
| JL343 | A | ||||||||||||
| JL347 | A | ||||||||||||
| JL348 | A | ||||||||||||